Il gioco ci farà diventare uno dei comandanti della flotta degli U-Boot dell'ammiraglio Doenitz, flotta che nel corso della seconda guerra mondiale fece passare più di una notte insonne a Winston Churchill. Il compito dei sommergibili tedeschi era quello di “strangolare” l'Inghilterra cercando di non far giungere sulle coste d'oltremanica i carichi, dalle loro colonie e dagli Stati Uniti, di armi, vettovaglie e rifornimenti, necessari per la loro stessa esistenza. L'impresa, tra alterne fortune, sarà destinata a fallire, soprattutto dopo l'entrata in guerra degli Stati Uniti, e grazie alla enorme produzione industriale americana che riusciva a rimpiazzare le perdite sofferte nell'Atlantico per mano tedesca.

Le novità rispetto alla precedente versione ci sono, e sono degne di attenzione, ma procediamo con ordine.
SH3 ci vedrà come comandanti di un U-Boot dal 1939 fino al 1945, con il compito di dare la caccia a tutte le navi, da trasporto in primis, ma anche a navi da guerra (corazzate, portaerei ecc.), che riusciremo a localizzare nell'Oceano Atlantico grazie anche alle segnalazioni che ci perverranno dal Quartier Generale tedesco il quale ci indicherà quale settore marino dovremo pattugliare. Da quando lasceremo il porto della madre patria, ci troveremo nella identica situazione in cui si trovavano i veri assi tedeschi: soli in mezzo al mare in cerca del nemico. Inizieremo con un sommergibile tipo II, per poi passare ai successivi modelli di tipo VII, IX (i due modelli più utilizzati nel corso della guerra) fino al tipo XXI. Dalla postazione di comando potremo prendere tutte quelle decisioni che prendevano i veri comandanti tedeschi nella realtà: dalle normali scelte di navigazione del battello (velocità, profondità di immersione ecc.) alle modalità di attacco (in immersione o in emersione, far fuoco con il cannone o con l'antiaerea), fino a scegliere il miglior metodo di evasione dagli attacchi nemici (ad esempio procedere nelle profondità marine in modalità silenziosa) quando saremo sotto attacco delle scorte nemiche. E ancora potremo metterci in torretta a scrutare l'orizzonte con il binocolo (ma lo farà comunque in automatico il nostro equipaggio) o utilizzare il periscopio se siamo in immersione, avere la stima degli eventuali danni occorsi al sommergibile (ad esempio in caso di incendio o infiltrazioni d'acqua) e riparare gli stessi se non sono così gravi da dover necessariamente farci tornare alla base.
In ogni momento potremo essere oggetto delle “attenzioni” di corvette nemiche e destroyer dal mare, e degli aerei dal cielo.